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Santé

Génomique des populations de clones émergents de pneumocoques dans une communauté vaccinée

Nicholas croucher

Nationality British

Year of selection 2011

Institution Harvard University

Country United States

Risk Santé

Post-Doctoral Fellowship

2 years

120000 €

Comprendre la stratégie de clonage de l'ennemi

Nicholas Croucher est sur la piste d'un tueur en série : Streptococcus pneumoniae, ou pneumocoque, une bactérie responsable de centaines de milliers de morts partout dans le monde, dont 800 000 enfants en 2000. Cette année, 15 millions de personnes ont également été touchées par une des maladies causées par ce pathogène, telles que la pneumonie, la septicémie, la méningite ou l’otite. Beaucoup de ces cas sont aujourd'hui difficiles à traiter en raison de l'apparition de certains « clones » de la bactérie ayant développé une résistance aux antibiotiques, ce qui a conduit au développement d'un vaccin anti-pneumocoque. Cependant, l'influence du vaccin est très sensible aux changements que celui-ci cause dans la population bactérienne. Nicholas Croucher va utiliser des séquences de génome bactérien pour retracer la façon dont certains « clones » du pneumocoque ont pu échapper au vaccin par des mutations, alors que d'autres ont été remplacés par des souches jusqu’alors inconnues. Suivre la trace des modifications génétiques dans la population permet de mieux comprendre comment les bactéries réagissent aux différents traitements et comment les interventions cliniques à venir pourraient mieux gérer ce pathogène.

Semaine de la vaccination: comment les bactéries deviennent résistantes
Propos recueillis par Olivier Monod, publié le 21/04/2014 à 13:35

En savoir plus sur : Semaine de la vaccination: comment les bactéries deviennent résistantes

Les bactéries peuvent devenir résistantes aux vaccins comme elles deviennent résistantes aux antibiotiques. Nicholas Croucher, chercheur à Harvard, soutenu par le Fonds AXA pour la Recherche, explique comment le pneumocoque contourne les vaccins qui le visent.
En combien de temps le
pneumocoque est-il capable de s'adapter au vaccin?

Concernant le vaccin PCV7 auquel je m'intéresse, certaines souches résistantes sont apparues deux ou trois ans après le début de la campagne de vaccination. En séquençant les génomes, nous nous sommes aperçus que ces mutants existaient avant la campagne de vaccination, mais qu'ils étaient très rares. Le vaccin leur a permis de se diffuser.
Cela suggère que l'émergence de clones résistant au vaccin est plutôt rare et lente. Mais nous devons maintenir une surveillance de la population bactérienne, car de nouveaux variants non affectés par le vaccin pourraient émerger dans le futur.

Comment fonctionne le vaccin contre le pneumocoque sur lequel vous travaillez?

Les vaccins polysaccharidiques conjugués (PCV) qui protègent contre le pneumocoque sont très efficients contre quelques souches qui déclenchent la maladie. Ils protègent les adultes comme les enfants, ce qui est une réelle avancée dans la lutte contre le pneumocoque: les précédents vaccins n'étaient efficaces que chez l'adulte.
Mais il existe plus de 90 souches différentes de bactéries "pneumocoques". Le PCV7 protège contre 7 d'entre elles. Certains nouveaux vaccins peuvent aller jusqu'à 13. Les souches ciblées sont les plus agressives et les plus résistantes aux antibiotiques

Comment les bactéries s'adaptent-elles au vaccin?

Le pneumocoque, ou plutôt, les pneumocoques ont une grande variabilité génétique. Ils peuvent donc rapidement évoluer en s'échangeant des gènes entre individus. Il est par conséquent difficile de cibler la population entière avec un vaccin. Le vaccin PCV7 sur lequel je travaille ne protège que contre une fraction des pneumocoques. Donc, certaines souches sont "résistantes" mais parce qu'elles n'ont jamais été ciblées par le vaccin. De plus, les souches visées par le vaccin peuvent développer une résistance par mutation sur le même modèle que la résistance aux antibiotiques.

Une maladie exterminée grâce à une campagne de vaccination peut-elle resurgir?

Si la bactérie responsable est éliminée, non. Mais s'il existe quelque part dans le monde un réservoir de microbes, il est possible qu'un mutant résistant émerge et se diffuse au moyen du transport aérien. C'est pourquoi la coordination des efforts au niveau international en matière de santé est primordiale.

Parcours de chercheur


Nicholas Croucher est devenu chercheur en raison d'un intérêt profond pour l'évolution. Dès lors, l'étude de l'adaptation des bactéries aux traitement thérapeutique s'imposait d'elle-même. "Il s'agit du meilleur moyen d'observer l'évolution sur des durées mesurables". Nicholas Croucher est en post-doctorat à Harvard, ses recherches sur la vaccination sont soutenues par le Fonds AXA pour la Recherche.

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